L’action débute ici par une cinématique agrémentée d’un dialogue sonore en japonais sous-titré français entre Naruto, Yamato et Killer Bee. Ce dernier explique sa mission très difficile au ninja de Konoha : il lui faut affronter le démon à neuf queues Kyûbi dans le but de lui dérober son pouvoir. Après un court entraînement et l’exploration possible de divers lieux (à l’instar du volet précédent), Le combat s’engage et le jeu commence à dévoiler ses atouts.
